مبنای محاسبه مالیات بر درآمد اجاره بر اساس کاربری واقعی آن است نه طبق سند رسمی. مطابق با ماده 53 قانون مالیات های مستقیم کل اجاره بهای دریافتی پس از کسر 25% بابت هزینه ها و استهلاکات مبنای محاسبه مالیات به نرخ های ماده 131 برای اشخاص حقیقی قرار خواهد گرفت.
واحدهای مسکونی در تهران تا 150 متر معاف از مالیات هستند. اما چون ملک به شرکت اجاره داده شده، و قاعدتا شرکت پرونده مالیاتی دارد. تکلیف کسر مالیات از اجاره بها و پرداخت آن طبق تبصره 9 ماده 53 با شرکت (مستاجر) است. مالک نیز موظف است در موعد مقرر (تیر ماه سال بعد) اظهارنامه مالیات بر درآمد اجاره را تکمیل و ارسال نمایید. در هنگام رسیدگی، پس از تشخیص مبلغ مالیات، پرداختی هایی که توسط مستاجر انجام شده، از مالیات تشخیص داده شده (در صورتی که بیشتر باشد) کسر خواهد شد.
موارد بالا مطابق با قانون است. توافق مستاجر با مالک در پرداخت مالیات اجاره، داشتن یا نداشتن پرونده مالیاتی شرکت و شرایط دیگری ممکن روند توضیح داده شده را دچار تغییر کند.