1- در صورتی که ایرادات دفاتر ، منطبق با موضوع ماده ۲۰ آیین نامه نحوه تحریر و تنظیم و نگهداری دفاتر ، به هیأت موضوع بند ۳ ماده ۹۷ اعلام گردد، اعلام اداره امور مالیاتی باید تحت عنوان رد دفاتر باشد و هیأت مذکور نیز به علت عدم رعایت موازین قانونی ( ماده ۲۰ آیین نامه ) رأی به دفاتر خواهد داد

2- در صورتی که ایرادات موضوع ماده ۲۰ آیین نامه در دفاتر مشاهده نگردیده اما مؤدی مقررات مربوط به دستورالعمل صادره از طرف وزارت امور اقتصادی و دارائی ، در خصوص رعایت مقررات ( کد اقتصادی ) و یا استفاده از فاکتور نمونه را رعایت ننموده و یا کد جعلی و یا کد دیگران استفاده نموده و یا ضمائم ( صورت گردش انواع مواد اولیه مصرفی در تولید ، صورت قیمت واحد انواع کالاهای تولید به تفکیک ، صورت گردش انواع کالاهای خریداری یا تولید شده به تفکیک ) همراه اظهار نامه ، ترازنامه و حساب سود و زیان تسلیم حوزه مالیاتی ننموده و یا ظرف یک ماه مقرر ، به هیأت سه نفری تسلیم نکرده باشد، در این حالت دفاتر ، ایراد قانونی نداشته و رد نمی شود و بلکه دفاتر مؤدی برای محاسبه درآمد مشمول مالیات قابل رسیدگی نیست و هیأت سه نفره نیز تحت همین عنوان می بایستی اظهار نظر نماید .

3- در اجرای تبصره بند ۳ ماده ۹۷ ، زمان دو ماه به مهلت رسیدگی اضافه خواهد شد که مأموران تشخیص مالیات حداکثر تا موعد مقرر ( ۴ ماه پس از پایان سال مالی ) موارد رد یا غیر قابل رسیدگی بودن دفاتر را به هیأت سه نفری اعلام (ابلاغ ) نمایند. در غیر این صورت پس از مهلت مقرر ، مالیات مشمول مرور زمان خواهد شد .

4- در اجرای تبصره ۲ ماده ۹۷ قانون مالیات های مستقیم ، در موارد تشخیص علی الرأس ، هر گاه طبق اسناد و مدارک ابرازی یا به دست آمده ، امکان تعیین در آمد واقعی مؤدی وجود داشته باشد ( به نفع یا به ضرر مؤدی ) اداره امور مالیاتی مکلف است در آمد مشمول مالیات را براساس رسیدگی به اسناد و مدارک مزبور یا دفاتر حسب مورد تعیین نماید.

در صورتی که سود ابرازی مؤدی در اظهارنامه ، بیشتر از میزان در آمد مشمول مالیات از طریق علی الرأس ( در دفاتر ) باشد ، مطابق تبصره مذکور ، سود ویژه ابرازی ( واقعی ) به جای درآمد مشمول مالیات ملاک مأخذ محاسبه مالیات خواهد بود.

5-باید توجه شود که مسائل جزئی و پیش پا افتاده به هیأت سه نفری اعلام نگردد. اعلام موارد جزئی و بی اهمیت جز بدبینی مؤدیان و اتلاف وقت و صرف هزینه ، فایده دیگری ندارد.

6-برای تعیین در آمد مشمول مالیات از طریق علی الرأس ، لازم است دو عامل ، قرینه مالیاتی و ضریب مالیاتی در یکدیگر ضرب شود :

7- تعیین قرینه مالیاتی برای محاسبه درآمد مشمول مالیات . اداره امور مالیاتی باید از طریق تحقیق و بررسی و به دست آوردن اطلاعات و مدارک کافی و در صورت لزوم از طریق اجرای ماده ۱۸۱ قانون مالیات ها ، در نهایت فروش و یا در آمد مؤدی را که متناسب با وضعیت و موقیت شغلی و حجم عملیات مؤدی باشد تعیین نماید.

مطابق ماده ۲۳۷ قانون مالیات های مستقیم ، برگ تشخیص مالیات باید بر اساس مأخذ صحیح و متکی به دلایل و اطلاعات کافی و به نحوی تنظیم گردد که کلیه فعالیت های مربوط و در آمد های حاصل از آن به طور صریح در آن قید و برای مؤدی روشن باشد.

بدیهی است در صورتی که درآمد مشمول مالیات تشخیص شده توسط واحد مالیاتی ، متکی به اسناد و مدارک و اطلاعات کافی و به طور منطقی و قانونی تعیین شده باشد، مؤدی مالیاتی چاره ای جز تمکین نخواهد داشت . در غیر این صورت پروند سالها در مراجع مالیاتی لاینحل باقی مانده ، موجب اتلاف وقت و صرف هزینه برای مؤدی و وزارت امور اقتصادی می گردد.